1952 übersiedelte Frohner, der das Malen autodidaktisch erlernt hatte, nach Wien und wurde Gasthörer bei Herbert Boeckl an der Wiener Akademie der bildenden Künste. Ab 1955 war Frohner als Werbegrafiker für den Verband der Elektroindustrie tätig, ab 1959 als Kunstkritiker. Mit Hilfe Boeckls erhielt er 1961 ein Stipendium, das ihm einen Studienaufenthalt in Paris ermöglichte, wo er die Nouveaux Realistes kennenlernte und beschloss, als freischaffender Künstler zu arbeiten. 1962 stellte er in der Galerie Junge Generation in Wien aus. Als Vertreter der Objekt- und Aktionskunst war er an der dreitägigen Einmauerung zusammen mit Hermann Nitsch und Otto Muehl sam Manifest Die Blutorgel im Jahr 1962 und am Zustandekommen des Wiener Aktionismus beteiligt. Nach der Trennung von den Wiener Aktionisten arbeitete er im Pariser Atelier Daniel Spoerris. Einer breiten, internationalen Öffentlichkeit wurde er als Vertreter Österreichs bei der Biennale von São Paulo 1969 bekannt. 1970 nahm er an der Biennale von Venedig teil. Später wandte er sich in Malerei und Grafik dem Tafelbild zu. Ein wiederkehrendes Motiv in Frohners Bildern ist Gewalt, oft dargestellt durch gefesselte Frauen, denen Gewalt angetan wird. 1972 wurde Frohner mit dem Österreichischen Staatspreis ausgezeichnet, und er begann seine Tätigkeit als Professor an der Hochschule für angewandte Kunst in Wien. Von 1985 bis 2005 leitete er eine Meisterklasse für Malerei. 1987 wurde er zum Dekan gewählt, war von 1989 bis 1991 Prorektor und von 1999 bis 2005 Vorstand des Instituts für bildende Kunst. Frohner war ab 1978 Mitglied der Freimaurerloge Zur Bruderkette und 1997 Gründungsmitglied der Loge Voltaire Zur weißen Kugel.