Nach der Matura studierte Rudolf Hausner an der Wiener Akademie der bildenden Künste bei Carl Fahringer und Karl Sterrer. 1937 wurde er zum Bundesheer einberufen. 1938 belegte die Reichskulturkammer seine Malerei mit einem Ausstellungsverbot. 1941 wurde er zur Deutschen Wehrmacht eingezogen. Während dieser Zeit kam es zu seinem traumatischen "Blockhauserlebnis" in der slowakischen Tatra, das er in seinen Arbeiten immer wieder aufgriff: Seine introvertierten, technisch meisterhaften Bilder untersuchen die Stellung des Individuums in der modernen Welt. 1943 wurde Hausner als kriegsuntauglich entlassen und als technischer Zeichner in der Rüstungsindustrie eingesetzt. In den letzten Kriegstagen von 1945 wurde er nochmals zur Fliegerabwehr eingezogen. In den 1950er Jahren hatte er als Maler wenig Erfolg. 1952 wurde Hausner zu zwei Jahren Kerker verurteilt, weil er in die Affäre Grill verwickelt war und an der Hehlerei von gestohlenem Edelmetall beteiligt war. 1960 verkaufte er sein erstes Bild. Als Grafiker und Maler wurde er ein und bedeutender Vertreter der Wiener Schule des Phantastischen Realismus. Als Pianist des Pinguin-Jazz-Quartetts war Hausner in ganz Europa und in Ägypten unterwegs. 1965 wurde Hausner als Professor für den Fachbereich Freie Kunst/Zeichnen an die Hochschule der bildenen Künste Hamburg berufen und war dort bis 1980 tätig. Rudolf Hausner ist Vater der Malerin und Bühnenbildnerin Xenia Hausner, der Filmregisseurin Jessica Hausner und der Kostümbildnerin Tanja Hausner.